Ще раз він спробував свої сили у лицарському ремеслі, долучаючись до воєнного походу Вальтера з Бьєнне – головуючого війська папи Інокентія ІІІ. Але і цей похід завершився невдачею. Франциск повернувся до Асижу, не здобувши лицарського пояса.
Навернення
Проїжджаючи на коні через долину Сполето, він зустрів прокаженого. Франциск відчував відразу і зневагу, такі люди навіть викликали у нього страх. Однак, підтриманий Божою ласкою, на цей раз він не втік. Франциск зійшов з коня і поцілувавши долоню прокаженого, обдарував його милостинею. Те, що до цієї пори видавалося гірким, перетворилося в радість, яку Франциск наново прагнув відчувати, віддаючись служінню прокаженим.
Молячись перед розп’яттям в церковці св. Дам’яна за мурами Асижу, він почув голос розп’ятого Христа: «Франциску, іди і відбудуй мою Церкву, яка валиться». Тоді Франциск помітив, що місце, де він молиться потребує ремонту. Повернувшись додому, він забрав з магазину батька дорогі тканини і продав їх, а за виручені гроші вирішив відбудувати храм. Розгніваний батько привів його до єпископа на суд і вимагав повернення грошей. Тоді Франциск віддав батькові не лише гроші, але також і одяг, заявляючи, що від цього моменту тільки Бог буде для нього Отцем. Вдягнувши одяг у формі хреста, він перев’язався шнуром і розпочав покутне життя, живучи лише з пожертв.
Одного ранку 1208 року, беручи участь у св. Євхаристії в святині Матері Божої Ангельської (Порцьюнкулі), Франциск почув слова Євангелія: «проповідуйте і говоріть, що наблизилось Царство Небесне (…) Не беріть ані золота, ані срібла, ані мідяків до своїх поясів, ані торби в дорогу, ані двох одеж, ні сандаль, ані палиці» (Mт 10,7; 9-10). Франциск зрозумів ці слова, як своє призначення: відтоді він запрагнув жити згідно з Євангелієм, а також проголошувати навернення і покаяння. Втілювати в життя свій план він розпочав від свого улюбленого міста Асижу.
Послідовники
Першими, які пішли слідами Франциска були: Бернард з Квінтаваллє, Петро з Каттані, Ідзі і Филип Довгий. Незабаром приєдналися також інші. Франциск пропонував всім теж саме: Євангеліє, як стиль життя, цілковиту убогість і простий одяг у формі хреста. Але щоб його не звинуватили у тому, що він творить ще одну групу єретиків, Франциск коротко описав свою пропозицію. В 1209 році разом з братами він пішов у Рим, щоб просити Папу Інокентія ІІІ затвердити таку форму життя.
Папа розпізнав у Франциску Божого чоловіка і затвердив представлений Устав. Франциск і його товариші, яких відтоді він назвав братами меншими, повернулися до Асижу і оселилися при храмі Матері Божої Ангельської – Порцьюнкулі, яка стала колискою Ордену.
Францисковий ідеал проник також до сердець тогочасних жінок. Першою, яка запрагнула наслідувати Христа так як Франциск, була Клара Фавароне, яка походила зі шляхетної асизької родини.
У Вербну неділю 1212 року, вона залишила рідний дім і в Порцьюнкулі отримала з рук Франциска габіт. Відтоді Клара стала жити при храмі св. Дам’яна, який раніше Франциск відбудував своїми руками. Швидко появилися також послідовниці. Так виник Орден Убогих Дам, які після смерті Клари прийняли назву «клариски».
Франциск не закрився зі своїми братами у мурах монастиря. Для нього монастирем був увесь світ. Тому він мандрував від міста до міста, від села до села і закликав до покаяння. Багато, багатих і бідних, шляхетного роду і простих людей, зворушені Францисковими словами і наставляннями, прагнули наслідувати його життя. Саме їм він пропонував, щоб живучи у світі, вони покутували і наслідували Ісуса Христа, смиренного та убогого. Від них бере початок Францисканський Орден Світських (ІІІ Орден).
До вершини досконалості
Вже в 1211 році, керований апостольською ревністю, він вирушає на схід до Сирії, щоб там проголошувати Євангеліє мусульманам. Однак, не дійшовши до мети, він повернувся в Італію. В 1217 році Франциск має намір піти у Францію, куди раніше вже вислав братів, але змушений залишитися на батьківщині. Лише в 1219 році здійснилося його прагнення. Разом з хрестоносцями він відправляється на схід, доходить до Діаметти в Єгипті і там зустрічається з султаном, перед яким з величезним переконанням свідчить про Ісуса Христа. Султан, захоплений особистістю і поставою Франциска, не лише дозволив йому безпечно залишити мусульманський табір, але також дав дозвіл вільно відвідувати місця освячені життям Ісуса в Палестині, у якій тоді панували араби-мусульмани. На прохання братів, він повертається в 1220 році до Італії.
Паломництво до Святих Місць залишило незабутнє враження. Перебуваючи під цим впливом, він вирішив в ніч Божого Різдва у 1223 році в скельній гроті Греччьо, зробити вертеп. Поставив ясла з сіном, привів вола і осла. Запросив людей з факелами.
З великим болем душі він роздумував над стражданнями Христа під час процесу і на хресті. Він гірко плакав над мукою Спасителя, а дивлячись, як люди гріхами легковажать любов, якою їх обдарував Бог, кричав, що Любов не люблять. Розп’ятий Христос винагородив його гарячу любов. Восени 1224 року, коли Франциск постив сорок днів на горі Альвернії перед урочистістю св. Архангела Михаїла, йому явився Христос у вигляді серафима і на тілі – руках, ногах і боці, витиснув стигмати, тобто знаки Муки. Таким чином Франциск зовнішньо став схожим на страждаючого Христа.
Тягар апостольського життя, сувора покута, довгі ночі перебування на молитві, швидко виснажили фізичні сили Франциска. Посилювалася також хвороба очей, якою він заразився під час перебування на Сході.
Кількаразові спроби лікування були марними. Майже сліпий Франциск весною 1225 року перебував у храмі св. Дам’яна. Хворі очі надокучали. Страждання приносило денне світло і блиск сонця. Франциск, відчуваючи, що наближається смерть, попросив братів, щоб перенесли його до Порцьюнкулі.
Він прагнув закінчити свій шлях євангелічного покликання там, де його розпочав.
Франциск помер після заходу сонця 3 жовтня 1226 року.
Через два роки папа Григорій IX урочисто канонізував Франциска з Асижу.