Під час генерального капітулу в 1247 році його обрано сьомим генералом ордену. Правління, яке він здійснював протягом десяти років, мало місце у роки розвитку реформаторського руху всередині ордену. Саме тоді сформувалися дві течії францисканізму: спіритуальна, яка передбачає ригористичне дотримання регули (правила) ордену та друга – конвентуальна, менш радикальна, яка полягає на житті, пристосованому до духу часів, що змінюються.
Йоан з Парми був невтомним відвідувачем монастирів по всій Європі, свої подорожі він відбував пішки. У місцях, в яких був, залагоджував суперечки, власним прикладом заохочував до вбогого життя, присвяченого молитві та служінню найбільш потребуючим. Будучи генералом, отримав від Апостольської Столиці чимало привілеїв для ордену, серед яких обрання у кожній провінції економа (прокуратора), управляючого фондами і благами ордену; визнання церков ордену „конвентуальними”, тобто такими, що належать монастирю з правом здійснення в них літургійних чинностей (звершення таїнств і святих мес), проголошення в них проповідей і використання дзвонів та можливість доступу до них для вірних тощо.
Наступними серед отриманих привілеїв є право вільного використання грошей братами, які займаються будівництвом базиліки св. Франциска Ассізького; право набуття орденом рухомого майна та продажу нерухомості (окрім церкви); постійне зберігання у церквах Пресвятих Таїнств; заборона отримання братами будь-яких церковних титулів без згоди на це генерала.
У 1250-1251 роках Йоан з Парми був легатом папи Інокентія IV до Константинополя, де будучи, так званим, „Ангелом миру”, вів переговори з патріархом Емануілом ІІ у справі об’єднання Церкви. Незважаючи на старання францисканця, дана місія завершилась невдачею.
На генеральному капітулі у 1257 році Йоан відмовився від виконання обов’язків наступника св. Франциска Ассізького, на його місце обрано св. Бонавентуру. Згодом Йоан почав вести життя пустельника в Гречіо, віддаючись в основному молитві та роздумам.
Наступні папи, Йоан ХХІ і Микола ІІІ, пропонували йому прийняти кардинальську гідність, натомість монах прагнув жити в усамітненні. Він погодився ще виконати місію Апостольської Столиці, яка мала на меті встановити контакт зі східною Церквою у Греції. Проте невдовзі після того, як вирушив у подорож, він помер, у місцевості Камеріно, 19 брезня 1289 року. Папа Пій І зачислив його до лику блаженних у 1777 році. У літургії спомин бл. Йоана з Парми відзначаємо 21 березня.
